私が使っている線の加工を紹介します。
元画像はこちら↓




オレンジのベタレイヤーを線画の上に重ねてレイヤーモードを変えるとこうなります。
スクリーン ソフトライト


元画像と同じ色を重ねるとこうなります。
元画像より少し線が柔らかく見えます。
こちらはスクリーンを使った応用。
線画レイヤーをコピーして、レイヤーパレットの中を上から「線画→ベタ→線画」という順番にします。そして、一番上に持ってきていた線画レイヤーのモードを乗算にします。そして、ベタレイヤーを選択した状態で、レイヤーメニューから下のレイヤーと結合を選択します。そして、結合したレイヤーにフィルターのぼかし（ガウス）をかけます。
ちょっとめんどうですが、ソフトライトよりもふわっと色が乗ります。